蛋白质的一级结构指多肽链中氨基酸的排列顺序。

主要化学键――肽键。二硫键的位置属于一级结构研究范畴。

2. 蛋白质的二级结构

蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构，即该段肽链主链骨架原子的相对空间位置，并不涉及氨基酸残基侧链的构象 。

主要化学键：氢键

肽单元是指参与组成肽键的6个原子位于同一平面，又叫酰胺平面或肽键平面。它是蛋白质构象的基本结构单位。元、 、芳香族氨基酸、酸性氨基酸、碱性氨基酸)、

四种主要结构形式(α螺旋、β折叠、β转角、无规卷曲)及影响因素。

蛋白质分子中，二个或三个具有二级结构的肽段，在空间上相互接近，形成一个具有特殊功能的空间构象，被称为模体(motif)。

3. 蛋白质的三级结构

整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置。即肽链中所有原子在三维空间的排布位置。

主要次级键――疏水作用、离子键(盐键)、氢键、范德华力等。

结构域(domain)：大分子蛋白质的三级结构常可分割成一个或数个球状或纤维状的区域，折迭得较为紧密，各行其功能，称为结构域。

分子伴侣：通过提供一个保护环境从而加速蛋白质折迭成天然构象或形成四级结构的一类蛋白质。

4. 蛋白质的四级结构

每条具有完整三级结构的多肽链，称为亚基 (subunit)。

蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用，称为蛋白质的四级结构。

各亚基之间的结合力――疏水作用、氢键、离子键。

5. 蛋白质的分类：根据组成分为单纯蛋白质和结合蛋白质，根据形状分为球状蛋白质和纤维状蛋白质。

6. 蛋白质组学

一种细胞或一种生物所表达的全部蛋白质，即“一种基因组所表达的全套蛋白质”。