专利侵权纠纷的起源是由于专利侵权行为，这是专利权保护中的一项内容，因为它有比较复杂的法律关系。 专利法规定，未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决;不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉;侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解;调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。专利法的这项规定中，明确了一系列的程序，在各个程序中又表明了它们相互联系的法律关系，对不同的法律关系又清晰地加以区分，这样对保护专利权，解决专利侵权纠纷是有实际意义的。下面分层次地加以分析：

1.专利侵权纠纷是由侵权行为引起的，首先可以由当事人按民事纠纷协商解决，但是不愿协商解决的就可以直接向人民法院起诉，协商不是起诉的前提条件;如果先协商而协商不成的，也不影响直接向人民法院起诉。

2.专利侵权纠纷当事人，不愿协商或者协商不成，也不向人民法院起诉的，可以请求管理专利工作的部门处理，即走行政处理的途径，这也是允许的。

3.管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，责令侵权人立即停止侵权，当事人对处理不服的，可以提起行政诉讼，行政部门当被告。

4.管理专利工作的部门作出处理后，侵权人不起诉又不停止侵权行为的，可以向人民法院强制执行，管理专利工作的部门作出的处理是有强制力作为后盾的。

5.进行处理的管理专利工作的部门，可以应专利纠纷当事人的请求，就侵权赔偿数额进行调解，如果调解不成，当事人可以向人民法院提起民事诉讼，因为调解与处理不同，行政部门只是一个工作有否效果的问题，并不是采取行政措施，所以不应当被告，而只在当事人之间充当第三人。

6.在上述过程中对专利权的保护同时发挥了司法保护和行政保护的作用，对专利侵权纠纷的当事人也给予选择司法途径和行政渠道的权利，目的是有利于实施对专利权的保护。