末端氧化酶（terminal oxidase） 处于生物氧化一系列反应的最末端的氧化酶。除了线粒体内膜上的细胞色素氧化酶和抗氰氧化酶之外，还有存在于细胞质中的酚氧化酶、抗坏血酸氧化酶、乙醇酸氧化酶等。

巴斯德效应（Pasteur effect） 法国的科学家巴斯德（L.Pasture）最早发现从有氧条件转入无氧条件时酵母菌的发酵作用增强，反之，从无氧转入有氧时酵母菌的发酵作用受到抑制，这种氧气抑制酒精发酵的现象叫做巴斯德效应。

呼吸商（respiratory quotient，RQ） 又称呼吸系数，植物组织在一定时间内，放出二氧化碳的量与吸收氧气的量的比值叫做呼吸商。

生长呼吸（growth respiration） 用来合成细胞组成成分以及进行细胞分裂、分化和生长的那部分呼吸。种子萌发到苗期，生长呼吸占总呼吸比例较高，随着营养体的生长，比例逐渐下降，而维持呼吸所占的比例增加。

呼吸跃变（respiratory climacteric） 果实成熟过程中，呼吸速率突然增高，然后又迅速下降的现象。呼吸跃变的产生与外界温度和果实内乙烯的释放密切相关。呼吸跃变是果实进入完熟的一种特征，在果实贮藏和运输中，重要的问题是降低温度，抑制果实乙烯的产生，推迟呼吸跃变的发生，降低其发生的强度，延迟果实的完熟。

磷氧比（P/O ratio） 缩写为P/O，氧化磷酸化的活力指标，指每吸收一个氧原子所能酯化的无机磷的数目，即有几个无机磷与ADP形成了ATP.呼吸链中两个质子和两个电子从NADH+H+开始传至氧生成水，一般可形成3分子的ATP，其P/O比为3.

三羧酸循环（tricarboxylic acid cycle） 缩写为TCAC，在有氧条件下丙酮酸在线粒体基质中彻底氧化分解的途径。三羧酸循环又称柠檬酸循环（citric acid cycle）或 Krebs 循环（Krebs cycle）。它是需氧生物利用糖或其它物质获得能量的最有效方式，是糖、脂、蛋白质等物质转化的枢纽。

细胞色素（cytochrome）缩写为Cyt，一类含有铁卟啉的复合蛋白，有典型的吸收光谱，在辅基中的铁能通过价态的变化可逆地传递电子，是生物氧化中重要的电子传递体。